Проходил в Москве 27-28 янв. 2009 г., избрал Патриархом Московским и всея Руси митр. Смоленского и Калининградского Кирилла (Гундяева).
В связи с кончиной 5 дек. 2008 г. патриарха Московского и всея Руси Алексия II (Ридигера) 6 дек. состоялось экстренное заседание Синода РПЦ под председательством старейшего по хиротонии постоянного члена Синода митр. С.-Петербургского Владимира (Котлярова), на котором местоблюстителем Патриаршего престола был избран Смоленский митр. Кирилл. На заседании Синода 10 дек. 2008 г. было принято решение о проведении 27-29 янв. 2009 г. П. С. для выборов нового предстоятеля Русской Церкви. П. С. должен был предшествовать Архиерейский Собор, созыв к-рого был назначен на 25 янв. 2009 г. На том же заседании 10 дек. 2008 г. Синод образовал Комиссию по подготовке Архиерейского и Поместного Соборов под председательством патриаршего местоблюстителя митр. Кирилла.
Согласно принятому 10 дек. 2008 г. (с изменениями от 24 дек. 2008 и от 23 янв. 2009) Положению о составе Поместного Собора, его участниками становились все правящие и викарные архиереи РПЦ (кроме пребывающих на покое и находящихся под запрещением), не имеющие архиерейского сана члены Комиссии по подготовке Соборов, руководители синодальных учреждений, духовных академий и Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета, 5 представителей духовных семинарий, 5 игумений жен. ставропигиальных мон-рей, по одному делегату от белого духовенства, от монашествующих (в т. ч. от женского) и мирян от каждой епархии; по одному клирику и одному мирянину от зарубежных патриарших приходов в США, Канаде, Италии, Скандинавских странах и Туркмении, представитель Русской духовной миссии в Иерусалиме. Синод дал указания правящим архиереям провести епархиальные собрания для избрания делегатов на П. С. и до 15 янв. 2009 г. направить их списки в Комиссию по подготовке Архиерейского и Поместного Соборов; председателю Учебного комитета провести до 31 дек. 2008 г. совещание ректоров духовных семинарий для избрания делегатов на П. С. (прошло 24 дек. 2008); председателю Синодальной комиссии по делам мон-рей подготовить проведение в Москве до 31 дек. 2008 г. Съезда настоятельниц жен. ставропигиальных мон-рей для избрания делегатов на П. С.
24 дек. 2008 г. Синод РПЦ рассмотрел проекты по регламенту, программе, повестке дня и по процедуре выборов Архиерейского и Поместного Соборов и постановил предложить указанные проекты на утверждение Архиерейского Собора. Также в связи с участием в предстоящем П. С. Японской Автономной Православной Церкви (ЯАПЦ) и самоуправляемых Церквей в составе Московского Патриархата было принято решение включить в состав Синода, являющегося, согласно Уставу РПЦ, Президиумом Архиерейского Собора, на время работы Собора предстоятелей Церквей: ЯАПЦ - митр. Токийского и всея Японии Даниила (Нусиро), Русской Православной Церкви за границей (РПЦЗ) - митр. Восточноамериканского и Нью-Йоркского Илариона (Капрала), Латвийской Православной Церкви - митр. Рижского и всея Латвии Александра (Кудряшова) и Эстонской Православной Церкви - митр. Таллинского и всея Эстонии Корнилия (Якобса). Предстоятели самоуправляемых Украинской Православной Церкви митр. Киевский и всея Украины Владимир (Сабодан), Белорусской Православной Церкви патриарший экзарх всея Белоруссии митр. Минский и Слуцкий Филарет (Вахромеев) и Молдавской Православной Церкви митр. Кишинёвский и всея Молдавии Владимир (Кантарян) уже входили в состав Синода.
17 янв. 2009 г. в Киево-Печерской лавре состоялось Предсоборное совещание епископата УПЦ Московского Патриархата и делегатов П. С. от епархий на Украине. Ранее, 20 дек. 2008 г., ряд архиереев УПЦ обратились к своему предстоятелю, митр. Киевскому Владимиру, с просьбой принять выдвижение его кандидатом на Московский Патриарший престол. Выступая на Предсоборном совещании в Киеве, митр. Владимир высказался против выдвижения своей кандидатуры на патриарших выборах: «Сегодня много разговоров идет про то, кто вскоре займет овдовевший патриарший престол. Среди возможных кандидатов говорят и про меня, видя в моем лице преемника святейшего Патриарха Алексия. Однако, искренне благодаря за такую великую честь, я хочу предстать перед Богом 121-м Митрополитом Киевским. 16-м Патриархом Московским и всей Руси пусть будет тот, на кого укажет Бог и ваш выбор».
П. С. предшествовал Архиерейский Собор РПЦ 25 янв. 2009 г., в к-ром приняли участие 198 архиереев. Заседания под председательством патриаршего местоблюстителя митр. Кирилла проходили в зале церковных Соборов московского храма Христа Спасителя. После вступительного слова председателя Собора была совершена лития по почившему патриарху Алексию II. Затем митр. Кирилл выступил с докладом, в котором осветил важнейшие события последних месяцев первосвятительского служения патриарха Алексия II и обозначил задачи Архиерейского Собора. После утверждения повестки дня, программы и регламента, предложенных Синодом, и состава редакционной, мандатной и счетной комиссий был утвержден порядок избрания кандидатов на Патриарший престол. В соответствии с Уставом РПЦ кандидатами могут быть архиереи РПЦ старше 40 лет, обладающие высшим богословским образованием и опытом епархиального управления. Избранными кандидатами считаются 3 архиерея, набравшие наибольшее количество голосов. После проведения тайного голосования по полному списку из 145 возможных кандидатов председатель счетной комиссии Екатеринодарский митр. Исидор (Кириченко) сообщил, что в голосовании приняли участие все 198 присутствующих архиереев, но 1 бюллетень оказался недействительным. По итогам голосования были определены имена 3 кандидатов, которые получили наибольшее количество голосов и должны были быть предложены Архиерейским Собором П. С. Ими стали митр. Смоленский Кирилл (Гундяев), за которого было подано 97 голосов, митр. Калужский Климент (Капалин) - 32 голоса, митр. Минский Филарет (Вахромеев) - 16 голосов. Архиерейский Собор принял после обсуждения определения - «О подготовке Поместного Собора Русской Православной Церкви» и «О кандидатах на Патриарший престол». Также была одобрена Грамота о созыве П. С.; утверждено принятое ранее Синодом Положение о составе П. С., рассмотрен и предварительно одобрен для последующего утверждения на П. С. ряд документов, касающихся организации его работы. В тот же день Архиерейский Собор закончил свою работу.
Поместный Собор 2009 г. по числу участников стал самым представительным в истории Русской Церкви. Среди 715 чел., призванных и избранных к участию в Соборе (из них прибыло 707), было 35 митрополитов, 81 архиепископ, 86 епископов, 53 архимандрита, 55 игуменов, 20 иеромонахов, 2 иеродиакона, 1 инок, 134 протоиерея, 15 иереев, 8 протодиаконов, 3 диакона, 33 игумении, 13 монахинь, 176 мирян. Среди участников Собора было 72 женщины (монашествующие и мирянки). Собор 2009 г. был 1-м Поместным Собором Русской Церкви в послесоветский период. Впервые основной состав делегатов составляли представители разных гос-в. Граждане России среди участников Собора составляли 44,8%, Украины - 28,6%, Белоруссии - 7,1%, Молдавии - 3,5%. Всего на Собор прибыли делегации из более чем 60 стран мира. Этот Поместный Собор был первым после 1945 г. созванным в Москве (три предыдущих проходили в Загорске (ныне Сергиев Посад)). Собор 2009 г. также был 1-м, в котором приняли полноценное участие представители РПЦЗ.
27 янв. 2009 г. П. С. открылся Божественной литургией в нижней Преображенской ц. храма Христа Спасителя, которую совершил патриарший местоблюститель митр. Кирилл в сослужении с расширенным на время Собора составом Синода. По завершении литургии была совершена заупокойная лития по патриарху Алексию II. Затем перед алтарем в храме Христа Спасителя началось 1-е соборное заседание под председательством патриаршего местоблюстителя митр. Кирилла. После совершения молебна перед чтимым списком Феодоровской иконы Божией Матери митр. Кирилл огласил Грамоту Архиерейского Собора о созыве П. С. и объявил Собор открытым. Был избран Президиум Собора, в который вошли члены Синода (включая глав ЯАПЦ, РПЦЗ и других самоуправляемых Церквей в составе Московского Патриархата). Были сформированы Секретариат Собора во главе с митр. Климентом (Капалиным) и комиссии: мандатная - под председательством Хустского архиеп. Марка (Петровцы; впосл. митрополит), редакционная - под председательством Костромского архиеп. Александра (Могилёва; впосл. митрополит), счетная - под председательством Екатеринодарского митр. Исидора (Кириченко). Руководитель Администрации Президента Российской Федерации С. Е. Нарышкин зачитал делегатам Собора приветственное послание Президента Российской Федерации Д. А. Медведева; были оглашены и др. приветствия, поступившие в адрес Собора.
Второе соборное заседание в тот же день открылось выступлением митр. Киевского Владимира, к-рый рассказал о совр. положении Православия на Украине и о значении братской поддержки всей полноты Русской Церкви в противостоянии расколам и разделениям. Он также сообщил, что отдает свой голос за кандидатуру местоблюстителя митр. Кирилла. Это заявление главы УПЦ в значительной степени предопределило позицию делегатов от Украины, к-рые составляли более четверти от общего числа участников Собора. Были утверждены программа, регламент и повестка дня, а также процедура избрания Патриарха Московского и всея Руси. Председатель Соборной мандатной комиссии Хустский архиеп. Марк (Петровцы) доложил о наличии на Соборе необходимого для проведения выборов кворума. Перед началом выборов митр. Филарет (Вахромеев) объявил о том, что снимает свою кандидатуру в пользу митр. Кирилла. В избирательные бюллетени были внесены 2 кандидата: митр. Калининградский Кирилл (Гундяев) и митр. Калужский Климент (Капалин). После краткого перерыва делегаты П. С. приступили к голосованию, к-рое завершилось примерно в 18:30. После подсчета голосов председатель Счетной комиссии Екатеринодарский митр. Исидор (Кириченко) огласил итоги голосования: всего в голосовании участвовали 702 чел., 2 делегата не опустили бюллетени в урну, действительных бюллетеней - 677, недействительных - 23. Местоблюститель Патриаршего престола митр. Кирилл набрал 508 голосов, митр. Климент - 169 голосов. Решением П. С. на Московский Патриарший престол был избран митр. Смоленский и Калининградский Кирилл. Митр. Киевский Владимир вопросил избранного патриарха: «Преосвященный Кирилл, Поместный Собор избрал тебя Патриархом Московским и всея Руси. Принимаешь ли ты это избрание?» Прозвучал ответ: «Избрание меня Поместным Собором Русской Православной Церкви приемлю, благодарю и нимало вопреки глаголю». После принятия митр. Кириллом избрания новоизбранный Предстоятель РПЦ совершил благодарственный молебен. Минским митр. Филаретом была оглашена Грамота П. С. об избрании митр. Кирилла Патриархом Московским и всея Руси, после чего новоизбранный патриарх выступил перед Собором с первым словом.
28 янв. 2009 г., во 2-й день работы П. С., делегаты обсуждали вопрос об утверждении изменений и дополнений в Устав РПЦ, которые были внесены Архиерейским юбилейным Собором РПЦ 2000 г. и Архиерейским Собором РПЦ 2008 г. После обсуждения П. С. своим определением утвердил исправленный и дополненный Устав РПЦ. Затем было принято соборное определение «О жизни и трудах Русской Православной Церкви». В нем давалась положительная оценка развитию РПЦ за предшествующие 18 лет, были одобрены деяния Архиерейских Соборов РПЦ, проходивших после Поместного Собора Русской Православной Церкви 1990 г. Также было принято Послание Поместного Собора всей полноте Русской Церкви. В связи с тем, что повестка П. С. была исчерпана к кон. 2-го дня заседаний, работа Собора досрочно завершилась вечером 28 янв.
1 февр. 2009 г. в храме Христа Спасителя была совершена интронизация Патриарха Московского и всея Руси Кирилла. На эту процедуру прибыли патриарх Александрийский и всей Африки Феодор II (Хоревтакис), архиеп. Тиранский и всей Албании Анастасий (Яннулатос), митр. Варшавский и всея Польши Савва (Грыцуняк), митр. Чешских земель и Словакии Христофор (Пулец), а также представительные делегации других Поместных Православных Церквей. 2 февр. 2009 г. в Большом Кремлевском дворце Президент РФ Медведев дал торжественный прием для архиереев - участников П. С. и представителей Поместных Православных Церквей, прибывших на интронизацию нового Предстоятеля РПЦ.